2009年1月20日星期二

这次回家

17号下午3点从哈尔滨出发,19号凌晨1:30左右达到杭州,2点从杭州出发,凌晨2:40到绍兴,3点左右到家,扮一下手指,共36个小时多,除了累还能有些什么感觉呢。
火车上人多,自然是不用说了,庆幸的是我们还能买到票,能买到有座的票!可怜苦了坐车回家的同胞了!

2009年1月13日星期二

关于R 编辑器

    刚才有人问起我有没有关于R的资料,自己手头当然有一些基础的电子书资料,应该当时自己学时,也是从一张白纸开始的,狂从google上找资料,其实个人觉得要是觉得自己英语还行,看自带的帮助文档就行了,比如R-admin。
    说道R的编辑器,觉得有两个得推荐一下,一个是运行在windows下的Tinn-R,下载地址是http://sourceforge.net/projects/tinn-r
另一个是linux下的,叫rkward,在ubuntu系统上可以直接通过sudo apt-get install rkward来安装!


2009年1月9日星期五

Current Issues In Computational and Bioinformatics



Current Issues in Computational Biology and Bioinformatics

2009年1月6日星期二

awk 小编程

     之前在http://www.ibm.com/developerworks/cn/linux/shell/awk/awk-1/ 上看过awk编程的介绍,说可以修改RS,FS内置变量来处理不同格式的文件。今天师姐让我处理一个fasta格式的文件,想提取仅仅人类的序列,人类的序列在">......"有关键字“Homo sapiens”字样,基于fasta格式文件的特定格式,想提取这些数据,仅仅几行就能搞定。如下
-----------------------------------------------
BEGIN{RS=">";FS="\n";OFS="";ORS=""}
$1~"Homo sapiens" {print ">",$0}
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
仅仅两行,轻松搞定,嘻嘻!

2009年1月5日星期一

Reinstall Ubuntu on My PC

   之前我的系统是ubuntu8.04 64位的,装了个virtualbox,但虚拟机内的系统一直上不去网,也不能跟主机通信,google了一下,说是用桥接好像能,可是水平有限,弄了很久也没弄明白,看着网上的教程,弄来弄去,到弄出一些问题,先是主机也上不去网了,这个后来解决了,然后,没有声音了,用aplay -l,说是没有声卡设备,最要命的是重启系统,进不去系统了,执行完rcS.d里S40networking这个脚本后就不动了,说是不能找到/dev/console,手头只有一个ubuntu8.10的server版,冲动之下就重装了一下。

    我的系统之前的分区是这样的
    /sda1  ext3      /
    /sda2  ext2      /var
    /sda3  ext2      /home
    /sda6  fat32     /windows
这次我就重新格式化了/sda1 把其他的盘mount到原先一样的目录下,装完后,因为是server版,不提供桌面环境,就sudo apt-get install ubuntu-desktop装上gnome环境(当然了,显示修改源了,要不然,慢死你)。因为之前有保留/home分区下的内容,建立用户名时也是之前8.04版的那个用户名,所以以前的配置不变,一切就跟以前一样,还真方便!