2009年2月25日星期三

GOSim安装

    今天有人问我GOSim的安装,我自然而然觉得很简单,输入install.packages('GOSim')自然就可以了,因为其依赖的包会从cran上自动下载。但是由于该包依赖许多bioconductor上的包,比如GO.db,而这些是不能cran上下载到的,所以你得装全GOSim所依赖的bioconductor上的包后,才能成功安装上。正确的安装方式如下:


source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite()#装上默认的包,可以略去
biocLite(c('GO.db',' AnnotationDbi',' annotate',' org.Dm.eg.db',' org.Hs.eg.db',' org.Mm.eg.db',' org.Pf.plasmo.db',' org.Rn.eg.db',' org.Sc.sgd.db',' topGO')); #这一步大概下载100m的内容,等待吧^_^
install.packages('GOSim')


这样就可以了!

Have fun!

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