GOSim安装

    今天有人问我GOSim的安装，我自然而然觉得很简单，输入install.packages('GOSim')自然就可以了，因为其依赖的包会从cran上自动下载。但是由于该包依赖许多bioconductor上的包，比如GO.db，而这些是不能cran上下载到的，所以你得装全GOSim所依赖的bioconductor上的包后，才能成功安装上。正确的安装方式如下：

source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite()#装上默认的包，可以略去 biocLite(c('GO.db',' AnnotationDbi',' annotate',' org.Dm.eg.db',' org.Hs.eg.db',' org.Mm.eg.db',' org.Pf.plasmo.db',' org.Rn.eg.db',' org.Sc.sgd.db',' topGO')); ＃这一步大概下载100m的内容，等待吧^_^ install.packages('GOSim')

这样就可以了!

Have fun！

ubuntu用户从网页上安装软件

    没有做不到的，只有你想不到的，一般我们在ubuntu上安装软件都会选择“新立得软件管理器来安装”，或者通过命令行apt-get install来完成，现在好了，用户可以直接通过网页来安装，网址是：http://appnr.com ，可以自己去尝试一下，真牛！

这次回家

17号下午3点从哈尔滨出发，19号凌晨1：30左右达到杭州，2点从杭州出发，凌晨2:40到绍兴，3点左右到家，扮一下手指，共36个小时多，除了累还能有些什么感觉呢。
火车上人多，自然是不用说了，庆幸的是我们还能买到票，能买到有座的票！可怜苦了坐车回家的同胞了！

关于R 编辑器

    刚才有人问起我有没有关于R的资料，自己手头当然有一些基础的电子书资料，应该当时自己学时，也是从一张白纸开始的，狂从google上找资料，其实个人觉得要是觉得自己英语还行，看自带的帮助文档就行了，比如R－admin。
    说道R的编辑器，觉得有两个得推荐一下，一个是运行在windows下的Tinn-R，下载地址是http://sourceforge.net/projects/tinn-r
另一个是linux下的，叫rkward，在ubuntu系统上可以直接通过sudo apt-get install rkward来安装！

Current Issues In Computational and Bioinformatics

Current Issues in Computational Biology and Bioinformatics

awk 小编程

     之前在http://www.ibm.com/developerworks/cn/linux/shell/awk/awk-1/ 上看过awk编程的介绍，说可以修改RS,FS内置变量来处理不同格式的文件。今天师姐让我处理一个fasta格式的文件，想提取仅仅人类的序列，人类的序列在">......"有关键字“Homo sapiens”字样，基于fasta格式文件的特定格式，想提取这些数据，仅仅几行就能搞定。如下
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－
BEGIN{RS=">";FS="\n";OFS="";ORS=""}
$1~"Homo sapiens" {print ">",$0}
-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
仅仅两行，轻松搞定，嘻嘻！

Reinstall Ubuntu on My PC

   之前我的系统是ubuntu8.04 64位的，装了个virtualbox，但虚拟机内的系统一直上不去网，也不能跟主机通信，google了一下，说是用桥接好像能，可是水平有限，弄了很久也没弄明白，看着网上的教程，弄来弄去，到弄出一些问题，先是主机也上不去网了，这个后来解决了，然后，没有声音了，用aplay -l，说是没有声卡设备，最要命的是重启系统，进不去系统了，执行完rcS.d里S40networking这个脚本后就不动了，说是不能找到/dev/console，手头只有一个ubuntu8.10的server版，冲动之下就重装了一下。

    我的系统之前的分区是这样的
    /sda1  ext3      /
    /sda2  ext2      /var
    /sda3  ext2      /home
    /sda6  fat32     /windows
这次我就重新格式化了/sda1 把其他的盘mount到原先一样的目录下，装完后，因为是server版，不提供桌面环境，就sudo apt-get install ubuntu-desktop装上gnome环境（当然了，显示修改源了，要不然，慢死你）。因为之前有保留／home分区下的内容，建立用户名时也是之前8.04版的那个用户名，所以以前的配置不变，一切就跟以前一样，还真方便！